Во Штип течат две реки. Поголемата е Брегалница (должина 43 километри) што на пат до вливот во реката Вардар поминува низ Штип. Помалата, пак, го дели градот на два дела, а се вика Отиња (3 километри должина).

На десниот брег на реката Брегалница, на околу 2 км југозападно од центарот на Штип, на излезот од Ново Село што е споено со нашиот град, се наоѓаат појавите на термоминералните води Кежовица и Л’џи. Денес на ова место постои нова уредена бања со базени, како и центар за рехабилитација. Хемиската анализа потврдува дека температурата на водата е константно 58 степени целзиусови, а истата изобилува со мноштво на минерали што поволно влијаат врз човековото здравје. Бањата Кежовица, според својата радиоактивност, спаѓа во ред на најрадиоактивните термоминерални води, не само во Македонија, туку и пошироко на Балканот. Инаку, подземјето на околината на Штип изобилува со големи термоминерални води.

Во близина на Штип се наоѓа планината Плачковица. Тоа е идеално место за развој на планински туризам. Плачковица го има највисокиот врв Лисец (1754 метри надморска височина), кој е предизвик за многу планинари. Тоа е причина што во градот постои планинарското друштво Лисец, а најчестиот пат за пристап до планината тргнува токму од Штип. Преку планинарскиот дом Вртешка се стигнува на висока позиција до манастирот Свети Ѓорѓи.

Планината Плачковица се наоѓа на четириесеттина километри од градот Штип. Таа спаѓа во редот на стари грамадни планини. Составот на теренот најчесто е гранитен со кристални шкрилци и помлади еруптивни карпи. На планината има богата флора и фауна со неколку видови што живеат само на оваа планина.

На планината Плачковица се наоѓаат и трите прекрасни кањони: Камник, Козјак и Зрновка во кои се наоѓаат прекрасни природни убавини како реки, водопади, преслапи, високи карпи...

За многумина кањонот Камник со својата убавина претставува Колорадо во мало. До сите кањони е обезбедена потребна инфраструктура за непречено движење (маркации, билборди, патокази, сајли, ферети и место за одмор).

Од многуте убавини кои ги нуди планината Плачковица се и пештерите кои ги има повеќе, од кои пет се испитани и достапни за посетители. Најголема од нив е Големата пештера, со испитана должина од 600 метри. Таа претставува вистински бисер со своите пештерски украси и предизвик за спелеолозите. Пештерите: Ќуп, Ајдучка, Туртел и Понор се помали, но богати со пештерски украси и се лесно достапни за посетителите и до нив водат маркирани патеки.